Akatsuki [modifier]
Il rejoindra ensuite l'Akatsuki (organisation criminelle de puissants ninjas). Pour le compte de cette organisation, il recherche Naruto pour lui extraire Kyûbi, le démon-renard à neuf queues scellé dans son corps(il recherche aussi les huit autre démons). Le mystère sur le fait qu'Itachi ait épargné son frère demeure durant une grande partie de l'histoire. Lors du face à face des deux frères, Itachi révélera qu'il a épargné son frère, pour effectuer une transplantation des yeux de Sasuke à la place des siens, ceux-ci étant severement endommagé du à l'effet secondaire du Mangekyou Sharingan. Dans l'Akatsuki Itachi fait équipe avec Kisame Hoshigaki. Itachi en battant Deidara le contraint à intégrer l'Akatsuki.Itachi en battant Orochimaru le contraint à quitter l'Akatsuki.On note au fil des chapitres que sa dévotion envers l'Akatsuki est sans faille. Itachi reste un personnage dont les motivations se devoilent au compte goutte. Il semblerait qu'il veuille devenir l'homme le plus puissant du clan Uchiha car Madara ne serait "plus que l'ombre de lui-même" et pour cela il doit s'approprier les sharingan de son petit frère. Maintenant d'aprés ce que l'on sait, Itachi était un espion au service de Konoha dans Akatsuki.